Perto do final do século 19, Allen Walker junta-se oficialmente a organização dos Exorcistas que destroem os seres conhecidos como Akuma; armas mecânico feitas pelo Millennium Earl com as almas sofredoras dos mortos. Allen tem tanto um olho amaldiçoado e uma arma anti-Akuma como um braço, tendo o poder de "Inocência", um presente dado a ele como um apóstolo de Deus. Allen, junto com seus companheiros de Exorcistas deve pôr fim a parcela final do Millennium Earl que poderiam levar à destruição do mundo e todos os que vivem nele.