అయోధ్య, కాశీ తరహాలోనే కొన్నాళ్లుగా, కొన్నేళ్లుగా మధురలో శ్రీకృష్ణ జన్మభూమి వివాదం కూడా నలుగుతూ ఉంది. అక్కడ ఉన్న కృష్మ జన్మభూమి స్థానంలో షాహీ ఈద్గా నిర్మించారని, అది ఉన్న 13.37ఎకరాల భూమిని తిరిగి ట్రస్ట్‌కి ఇప్పించాలని ఎప్పటి నుంచో పోరాడుతోంది శ్రీకృష్ణ జన్మభూమి ముక్తి నిర్మాణ్‌ ట్రస్ట్‌. శ్రీకృష్ణుడి ఆలయాన్ని ఆనుకుని మసీదు ఉంటుంది. శ్రీకృష్ణుడి ఆలయంలో భజనలు, మసీదులో నమాజులు నిత్యం హోరెత్తుతుంటాయి. 17వ శతాబ్దిలో ఔరంగాజేబు కాలంలో శ్రీకృష్ణ ఆలయాన్ని కూల్చేసి మసీదును నిర్మించారని పిటిషన్‌లో పేర్కొన్నారు ట్రస్ట్‌ తరఫు లాయర్లు.